Le Haut Conseil de la santé publique comprend les commissions spécialisées suivantes : maladies transmissibles ; maladies chroniques ; risques liés à l'environnement ; sécurité des patients : infections nosocomiales et autres événements indésirables liés aux soins et aux pratiques ; prévention, éducation et promotion de la santé ; évaluation, stratégie et prospective. Cet arrêté précise le champ d’expertise de chacune de ces commissions spécialisées.