Le Conseil d’Etat a été saisi par plusieurs requêtes en référé afin d’obtenir la suspension de l’exécution du décret n°2020-1098 du 29 août 2020 pris pour l’application de l’article 20 de la loi n° 2020-473 du 25 avril 2020 de finances rectificatives pour 2020. Le décret n°2020-521 du 5 mai 2020 définissait « les critères permettant d’identifier les salariés vulnérables présentant un risque de développer une forme grave d'infection au virus SARS-CoV-2 et pouvant être placés en activité partielle » et que ce dispositif a été modifié par le décret litigieux du 29 août 2020. Par conséquent, à compter du 1er septembre 2020, les critères de la vulnérabilité ont été restreints et il a été mis fin à l’ouverture de l’activité partielle pour les salariés partageant le même domicile qu’une personne vulnérable.
Le Conseil d’Etat a ainsi estimé que « eu égard à l’ambiguïté des informations ainsi données, la prescription d’arrêts de maladie de droit commun aux salariés ne bénéficiant plus du régime d’activité partielle dont l’état de santé le justifierait ne peut être regardée, à ce jour, comme assurée de façon suffisamment certaine, de telle sorte que la condition d’urgence doit être regardée comme remplie ». Concernant le doute sérieux quant à la légalité du décret, le juge des référés a pu rappeler que, si « le Premier ministre dispose d’un large pouvoir d’appréciation pour définir les critères de vulnérabilité, dans la mise en œuvre du pouvoir réglementaire, il doit [les] justifier de critères pertinents ». En l’espèce, il apparaît que pour restreindre l’appréciation de la vulnérabilité et de fait, « exclure des situations ou pathologies exposant, en l’état des connaissances scientifiques, à un risque de développer une forme grave d'infection au virus SARS-CoV-2 », les justifications apportées par le ministre sont insuffisantes et « ne sont pas de nature à expliquer l’ensemble des choix effectués ». Dès lors, le Conseil d’Etat a pu juger que « le décret litigieux serait entaché d’une erreur manifeste d’appréciation dans le choix des critères de vulnérabilité apparaît propre à créer, en l’état de l’instruction, un doute sérieux quant à sa légalité » et ainsi suspendre les dispositions litigieuses du décret du 29 août 2020.