Ce décret vient modifier la partie réglementaire du Code de la santé publique relative à la commission médicale d’établissement (CME). Les attributions générales de la CME sont modifiées. Elle est notamment désormais consultée sur les orientations stratégiques de l'établissement et son plan global de financement pluriannuel (PGFP) , son plan de redressement,  son organisation interne, la politique de coopération territoriale, la politique de recherche et d'innovation, le CPOM, l'accueil et l'intégration des professionnels et des étudiants ainsi que sur la gestion prévisionnelle des emplois.

La composition de la CMEest également modifiée : A compter du 22 mars 2014 (date d’entrée en vigueur de cette disposition) la CME comprendra en son sein des (et non un seul) représentants élus des sages-femmes si l’établissement dispose d’une activité de gynécologie-obstétrique. La composition est également élargie aux étudiants hospitaliers. Autre nouveauté apportée par le texte, les représentants des internes seront désignés par le président du directoire et non plus par le DG de l’ARS. S’agissant du président de la CME, le texte prévoit qu’en cas d’absence de candidat parmi les personnels enseignants et universitaires, le président peut être élu parmi les praticiens titulaires de l'établissement.

A noter également la désignation d'un référent antibiothérapie au sein des établissements de santé. Enfin, Les articles 4 et 5 du décret simplifient les procédures de fusion d'établissements. Les modalités de transfert des personnels des établissements fusionnés vers le nouvel établissement sont précisées et les procédures d'élaboration du règlement intérieur du futur établissement rénovées.