Le comité médical supérieur (CMS) est une instance consultative d’appel des avis rendus en premier ressort par les comités médicaux sur l’un des 7 points énumérés à l’article 7 du décret du 14 mars 1986, notamment la prolongation des congés de maladie au-delà de six mois consécutifs, l'octroi des congés de longue maladie et de longue durée, le renouvellement de ces congés ou l'aménagement des conditions de travail du fonctionnaire après congé ou disponibilité. « Cette nouvelle instruction a pour objectif de fiabiliser et d’accélérer le traitement des dossiers qui sont envoyés au comité médical supérieur (CMS) ».