Cette ordonnance est prise en application de l’article 204 de la loi de modernisation de notre système de santé.
Conformément aux recommandations de la Cour des comptes cette ordonnance vise à confier au Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière (CNG) la prise en charge de la rémunération et des charges afférentes des directeurs d'hôpital et des personnels médicaux titulaires mis à disposition des inspections générales interministérielles. Le CNG est un établissement public de l'Etat à caractère administratif placé sous la tutelle du ministre chargé de la santé.
Actuellement, cette prise en charge est assurée soit directement par les établissements de santé employeurs de ces personnels, et font l'objet d'un remboursement aux établissements par des crédits de l'assurance maladie, soit par le CNG lorsqu'il s'agit de personnels placés auprès du CNG en position de surnombre.
L'ordonnance prévoit que le CNG rembourse les rémunérations et charges afférentes aux employeurs de ces personnels. Cette mesure permet d'assurer la cohérence en terme de modalités de prise en charge financière de ces personnels et garantira un meilleur suivi statistique. (article 1 de l’ordonnance)

D'autre part, l'ordonnance prévoit la suppression du statut d'emploi de conseiller général des établissements de santé. Les conseillers généraux des établissements de santé (CGES), dont le cadre d'emploi a été créé par le décret n° 2006-720 du 21 juin 2006, sont des experts confirmés dans le domaine de la santé. (article 2 de l’ordonnance)

L'article 3 prévoit quant à lui des dispositions transitoires afin de permettre aux CGES de demeurer en fonction dans la limite de la durée totale des fonctions prévue par le statut d'emploi prévu par l'article L. 6141-7-2 du code de la santé publique, dans sa rédaction antérieure à l'entrée en vigueur de l'ordonnance, et, dans cette même limite, d'exercer des fonctions d'administrateur provisoire dans les conditions prévues par l'article L. 6143-3-1, dans sa rédaction antérieure à l'entrée en vigueur de l'ordonnance.