Le décret n° 2020-1685 du 23 décembre 2020 prévoit une dérogation temporaire aux règles en matière de congés non pris applicables aux agents de la fonction publique hospitalière.

Il énonce que les congés des fonctionnaires et agents contractuels de droit public, exerçant dans les établissements publics de santé, des établissements publics accueillant des personnes âgées et des établissements publics prenant en charge des mineurs ou adultes handicapés relevant de la fonction publique hospitalière, qui sont refusés pour des raisons de service et dans le contexte de la lutte contre l'épidémie de covid-19 peuvent faire l'objet d'une indemnité compensatrice, dans la limite de 10 jours indemnisés. Le directeur général de l'agence régionale de santé fixe la liste des établissements concernés.

Le décret précise également les possibilités en cas de congés non pris qui sont soit de reporter ceux-ci sur l'année 2021 soit de bénéficier de l'indemnité compensatrice, soit d'alimenter son compte épargne-temps.

Le montant forfaitaire brut par jour de l'indemnité compensatrice est fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, de la fonction publique et du budget.
L'indemnité est proportionnelle au nombre de jours de congés ou de repos au titre de la réduction du temps de travail que l'agent aura décidé de transformer en indemnité compensatrice.

Chaque jour de congés ou de repos au titre de la réduction du temps de travail ayant fait l'objet d'une indemnisation est décompté des soldes respectifs dont dispose l'agent.