L’article 116 de la loi du 9 janvier 1986 prévoit que tout établissement mentionné à l'article 2 de la même loi « verse au Centre national de gestion une contribution. L'assiette de la contribution de chaque établissement est constituée de la masse salariale des personnels employés par l'établissement à la date de clôture du pénultième exercice. Le taux de la contribution est fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé et des affaires sociales dans la limite de 0,15 %. » Cet arrêté précise que ce taux de la contribution au Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière est fixé pour l'année 2013 à 0,021 % de l'assiette.