Parmi les opérateurs de l'Etat et établissements publics nationaux figurent notamment les agences régionales de santé (ARS), l'Agence de la biomédecine (ABM), l'Agence nationale d'appui à la performance des établissements de santé et médico-sociaux (Anap), l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses), l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM), l'Agence technique de l'information et de l'hospitalisation (ATIH), le Centre national de gestion (CNG), l'Etablissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires (Eprus), l'Ecole des hautes études en santé publique (EHESP) et l'Institut national du cancer (Inca) etc. La principale nouveauté porte sur l'ajout au budget initial ou au compte financier, d'une annexe immobilière permettant le suivi de la stratégie immobilière, de la mise en œuvre du schéma pluriannuel de stratégie immobilière (SPSI) et des économies liées.