À la demande de la commission des finances de l'Assemblée nationale, la Cour des comptes a enquêté sur les heures supplémentaires dans la fonction publique. Le décompte de ces heures et leurs modalités de compensation sont très hétérogènes, reflet de la diversité des missions des agents du service public et des contraintes opérationnelles. Pour 2018, la Cour évalue toutefois à 2,3 milliards d'euros les heures supplémentaires indemnisées dans les trois versants de la fonction publique et à plus 50 millions d’heures, pour un coût potentiel supérieur à 1 milliard d'euros, le volume des heures supplémentaires stockées. Facteur de souplesse, permettant d'adapter le service public aux évolutions de court terme et représentant un complément de salaire parfois significatif pour les agents concernés, le recours aux heures supplémentaires est aussi symptomatique de problèmes d'organisation ou d'attractivité et porteur de risques à la fois humains, financiers, organisationnels et opérationnels, qu’accroît un suivi et un pilotage défaillants.