Ce décret prévoit que, concernant les compétences consultatives de la CME en matière d’organisation interne de l’établissement, la CME se prononce « notamment sur la cohérence médicale et la conformité au projet médical de l'organisation en pôles de l'établissement ». Concernant le fonctionnement de la CME, il prévoit que pour l'accomplissement de ses missions, la commission médicale d'établissement établit son règlement intérieur "dans le respect de ses compétences", c'est-à-dire sans pouvoir s'en attribuer qui ne soient pas prévues par voie règlementaire. Elle y définit librement son organisation interne sous réserve de dispositions particulières.

Concernant le règlement intérieur des établissements : il doit désormais définir les principes essentiels du fonctionnement des pôles et des relations entre les chefs de pôles, les chefs de services et les responsables des départements, unités fonctionnelles et autres structures internes, notamment dans la recherche clinique et l'innovation ; l'enseignement, dans le cadre de la formation initiale et continue ; la qualité et la sécurité des soins et des prises en charge ; l'organisation de la continuité et de la permanence des soins ; la coordination des parcours de soins, l'organisation et l'évaluation de la prise en charge médicale du patient ; la gestion des ressources humaines et l'autorité fonctionnelle sur les personnels composant les services et autres structures ; les principes de la formation et de l'évaluation des fonctions des chefs de service et des responsables des départements, unités fonctionnelles et autres structures internes.

Les établissements disposent d’un délai de 6 mois – septembre 2016, pour mettre en conformité leur règlement intérieur ainsi que celui des CME.

Concernant la procédure de nomination des responsables de structure interne, services ou unités fonctionnelles des pôles d'activité clinique ou médico-technique, le décret prévoit qu’ils sont désormais nommés « sur proposition du président de la commission médicale d'établissement, après avis du chef de pôle » (et non plus sur proposition du chef de pôle après avis du président de la CME). Cette nomination court pour quatre ans renouvelables. Dans les deux mois suivant leur nomination, le directeur doit proposer à ces responsables une formation adaptée à l'exercice de leurs fonctions.

Les responsables de services, de départements, de structures internes ou d'unités fonctionnelles en exercice sont maintenus en fonctions jusqu'à ce qu'une durée de quatre ans ait couru depuis leur nomination. Si ce maintien en fonctions conduit leur mandat à expirer avant le 13 mars 2017, ils sont maintenus en fonctions jusqu'à l'expiration de ce délai. Ils seront ensuite nommés dans les conditions prévues par l'article R. 6146-4 du code de la santé publique dans sa rédaction résultant du présent décret.

Enfin, la procédure destinée à mettre fin aux fonctions de responsable de structure interne, service ou unité fonctionnelle dans l’intérêt du service est clarifiée : il peut y être mis fin « par décision du directeur après avis du président de la commission médicale d'établissement et du chef de pôle ».