Cette instruction a pour objet de mettre en place un recensement annuel des aumôniers intervenant dans les établissements mentionnés à l’article 2 de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986, notamment dans les établissements  de santé - Ce premier recensement intervient dans le cadre de l’élaboration d’un décret en Conseil d’État, porté par le ministère de l’intérieur, mettant en place une obligation de diplôme universitaire de « formation civile et civique » pour les aumôniers. Ce recensement sera effectué, chaque année, par les référents laïcité des ARS.

Il est rappelé dans instruction les termes de la circulaire DHOS/P1 n° 2006-538 du 20 décembre 2006 : « Les aumôniers sont recrutés ou autorisés par les chefs d’établissement sur propo­sition des autorités cultuelles dont ils relèvent en fonction de leur organisation interne : évêchés, consistoires israélites central, régionaux ou locaux, aumônier national hospitalier du conseil français du culte musulman ou des conseils régionaux du culte musulman et commissions nationale ou régionale des aumôneries des établissements sanitaires, sociaux et médico-sociaux de la Fédération protestante de France ou présidents des conseils régionaux de l’Église réformée de France, etc. »