Cette loi comporte une quarantaine d’articles dédiés à la branche maladie de la Sécurité sociale (articles 60 à 102).
A compter du 1er mars 2018, et dans des conditions fixées par décret, elle stabilise le fait que les transports réalisés au sein d'un même établissement de santé ou entre deux établissements de santé sont pris en charge par l'établissement à l'origine de la prescription de transport (article 80).
Elle comporte des dispositions relatives à la prise en charge des victimes d’actes de terrorisme (article 60).
Elle ajoute la possibilité pour les agences régionales de santé d’autoriser un établissement de santé à pratiquer une activité de greffe exceptionnelle d'organes ou de tissus ou de greffe composite exceptionnelle de tissus vascularisés (article 81).
Elle organise, dans le cadre d’un contrat de praticien territorial de médecine de remplacement, les remplacements dans les zones caractérisées par une offre de soins insuffisante ou par des difficultés dans l'accès aux soins (article 73).
Elle autorise la délivrance, par les intervenants des centres d'accueil et d'accompagnement à la réduction des risques pour usagers de drogue, de médicaments dont une liste sera fixée par arrêté (article 69).
Elle crée, au sein de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés (CNAMTS), un fonds national pour la démocratie sanitaire et fixe les modalités de son financement (article 70). Elle institue également un fonds pour le financement de l'innovation pharmaceutique (article 95).
En matière de financement, elle réforme les dispositions relatives aux unités de réanimation et de soins intensifs, les prises en charge "intermédiaires" et l'hospitalisation à domicile (article 79), et poursuit la réforme du financement des soins de suite et de réadaptation (article 82)
Elle prévoit trois expérimentations : la première relative à l'administration par les pharmaciens du vaccin contre la grippe saisonnière aux personnes adultes (article 66) ; la deuxième destinée à améliorer la prise en charge et le suivi de jeunes de six à vingt et un ans chez lesquels un médecin a évalué une souffrance psychique (article 68) ; la troisième pour autoriser le financement par le fonds d'intervention régional des parcours de soins et de la prise en charge des personnes souffrant de douleurs chroniques dans le cadre de projets pilotes (article 94). Elle prévoit également la prorogation d'un an du financement des expérimentations de télémédecine et étend le périmètre de l’expérimentation à l'ensemble du territoire (article 91).
Elle impose la remise d’un rapport au Parlement évaluant les conséquences et le coût de l'amélioration de la protection maternité et paternité pour l'ensemble des professions médicales et paramédicales libérales en France (article 78), d’un rapport sur la réforme des modalités de financement de l'activité d'hospitalisation à domicile (article 83), d’un rapport un sur l'usage de l'enveloppement corporel humide dans le secteur sanitaire (article 87) et d’un rapport sur la prise en charge hospitalière des personnes handicapées et sur les conditions de revalorisation des tarifs appliqués à cette prise en charge (article 88).