"En dépit d’un contrôle de l’Inspection générale des affaires sociales (IGAS) en 2000, d’un contrôle de la Cour des comptes en 2011 et d’un contrôle de la mission d’inspection des juridictions administratives (MIJA) en 2013, l’ordre des médecins n’a procédé qu’à une petite partie des changements qui lui étaient recommandés : sa gestion reste caractérisée par des faiblesses, voire des dérives, préoccupantes, son fonctionnement ne s’est pas suffisamment modernisé, des missions importantes qui justifient son existence sont peu ou mal exercées, le Conseil national n’exerce qu’un contrôle ténu sur les conseils départementaux ou régionaux".

La Cour des comptes formule 15 recommandations, notamment en matière de refus de soins, de traitement des doléances, de déclaration d'intérêts, de contrôle internet et de contrôle de gestion.