« La mission deuxième cycle s’inscrit dans la suite de la grande conférence de la santé, des expérimentations PACES (Première Année Commune aux Études de Santé) et de la mise en place de la réforme du troisième cycle ». Elle formule 13 propositions structurées selon 4 axes : réinventer la pédagogie dans les unités de formation et de recherche (UFR) ; affirmer le caractère professionnalisant de la filière ; adapter la formation pour une meilleure orientation des étudiants ; transformer la régulation à l’entrée du troisième cycle.