En premier lieu, la Cour des comptes constate que les dépenses de biologie des établissements publics de santé « restent quant à elle insuffisamment connues et suivies », dans la mesure où elle sont incluses « dans la tarification globale des séjours ». Ces dépenses sont toutefois estimées, pour l’année 2011, à 2,4 Md€. Au total, le montant des dépenses de biologie médicale serait de 7,2 Md€, la part des établissement de santé publics et privés à but non lucratif représentant le tiers de cette somme. Dans un deuxième temps, la Cour rappelle le contexte juridique très mouvant dans lequel s’est inscrit la biologie médicale depuis 2010. Elle revient sur l’importance de l’accréditation des laboratoires, tout en soulignant que « les efforts d’accompagnement et de régulation, qu’appelle la réforme restent notoirement insuffisants de la part de l’Etat ». Elle préconise un « pilotage plus affirmé ». Dans un dernier temps, la Cour estime qu’une « importante révision de la nomenclature des actes de biologie médicale est à mener pour optimiser le bon usage des soins », et que la maîtrise des dépenses devrait également provenir de la maitrise du volume d’actes.