La Cour des comptes a rendu public, le 17 septembre 2013, un rapport sur l’application des lois de financement de la sécurité sociale. Ce rapport s’inscrit dans le cadre de sa mission constitutionnelle d’assistance au Parlement et au Gouvernement. Un chapitre du rapport de la Cour des comptes  est consacré aux « fragilités et le redressement financier des hôpitaux publics ». La Cour des comptes constate en effet un une nette amélioration en 2012 de la situation financière des hôpitaux publics. Ce redressement est en grande partie imputable, selon la Cour des comptes,à « l’évolution des enregistrements comptables, concernant notamment les aides d’urgence octroyées en fin d’exercice (…) Les principaux facteurs de redressement apparaissent en effet de nature soit non-reconductibles, soit strictement comptables. » La Cour indique que plusieurs modifications d'ordre comptable intervenues en 2012 ont eu également pour effet d'améliorer les résultats de cet exercice, comme le fait de demander aux établissements d'enregistrer au compte d'exploitation et non au bilan les aides exceptionnelles accordées en cas de difficultés de trésorerie.

La Cour des comptes formule  7 recommandations afin de poursuivre « les efforts tendant à ramener sur une trajectoire positive l’ensemble des établissements » : Recentrer le dispositif contractuel unissant les agences régionales de santé aux établissements sur les hôpitaux présentant les plus forts enjeux financiers ; Conditionner l’attribution d’aides exceptionnelles à l’exploitation à la réalisation d’efforts structurels ; Supprimer le fléchage par l’administration centrale des dotations relatives aux missions d’intérêt général (MIG) justifiées au premier euro et charger les ARS d’arrêter leur montant établissement par établissement en fonction de critères et dans la limite d’une enveloppe fixés nationalement ; Subordonner le passage d’un établissement en difficulté financière devant le comité de la performance et de la modernisation de l’offre de soins (COPERMO) à une demande du directeur général d’ARS, qui doit être responsable, conjointement avec le chef d’établissement, de la mise en œuvre des recommandations du comité ; Définir la notion de résultat structurel par la marge brute, hors aides à l’investissement et aides exceptionnelles à l’exploitation ; Encourager la constitution de centres d’expertise interrégionaux notamment en matière de financements bancaires ; Rendre impérative l’adoption par les établissements en début d’année civile de l’état des prévisions des recettes et dépenses.