L’objet de la Mission était de « dresser un premier bilan du fonctionnement des ARS et proposer des pistes d’évolution ». Elle indique en premier lieu que « les missions de service public qui ont été transférées aux agences ont été remplies sans rupture ». Pour autant, la mission estime que « toutes les conséquences de la création des ARS n’ont pas été tirées ». Elle formule alors cinq séries de recommandations, destinées à réformer l’administration centrale, « recoudre le lien social » au sein des ARS, simplifier et rendre plus efficace l’exercice des missions, en démocratiser la gouvernance et en accroitre la transparence, et enfin à affermir la démocratie sanitaire.