Cette loi comporte 26 articles sur 78 au total spécifiquement dédiés à la branche maladie de la Sécurité sociale (articles 49 à 75).
Notamment, elle étend de 3 à 11 le nombre de vaccinations obligatoires pour les enfants (article 49).
Elle prévoit un remboursement à 100% des frais liés à une consultation unique de prévention du cancer du sein et du cancer du col de l'utérus, pour les assurées âgées de vingt-cinq ans (article 50).
Elle précise le cadre dans lequel des expérimentations dérogatoires à certaines dispositions financières du code de la sécurité sociale peuvent être mises en œuvre, pour une durée qui ne peut excéder cinq ans (article 51). Ces expérimentations doivent poursuivre notamment un but de favoriser l’émergence d’organisations innovantes, ou d’amélioration de la pertinence de la prise en charge par l'assurance maladie des médicaments ou des produits et prestations associées.
Elle fixe le nouveau cadre financier des actes de téléconsultation et prolonge pour quatre ans les expérimentations sur la télésurveillance (article 54).
Elle prévoit une possibilité d’intéressement des établissements à l’efficience et à la pertinence des prescriptions hospitalières (article 57).
Elle supprime l’obligation de tiers payant généralisé tout en prévoyant que « avant le 31 mars 2018, aux fins de rendre le tiers payant généralisable, le Gouvernement remet au Parlement un rapport sur le calendrier de mise en œuvre opérationnelle du tiers payant intégral et les prérequis techniques à cette mise en œuvre tant sur la part des dépenses prise en charge par l'assurance maladie obligatoire que sur celle prise en charge par les organismes complémentaires » (article 63). La constitutionnalité de cette disposition a été confirmée par le Conseil constitutionnel, lequel a décidé que ""le dispositif du tiers payant constitue une modalité d'organisation du système de santé, relative aux conditions selon lesquelles est assuré le paiement de la part de la rémunération des professionnels de santé prise en charge par les régimes obligatoires de base d'assurance maladie. Dès lors, en modifiant l'article 83 de la loi du 26 janvier 2016, le législateur, qui n'a pas remis en cause le principe d'une prise en charge des dépenses de santé par les régimes obligatoires de base, n'a pas méconnu le droit à la protection de la santé"".
Elle supprime également la dégressivité tarifaire (article 66), reporte l’entrée en vigueur de l’intégration des dépenses de transports inter-établissements dans le budget des établissements de santé au 1er octobre 2018 (article 67), et organise le déploiement de la réforme du financement des activités de soins de suite et de réadaptation (article 68).
Un rapport sur l'accès aux soins des personnes en situation de handicap et des personnes en situation de précarité portant notamment sur les restes à charge en santé liés au handicap, le niveau des avances de frais et le renoncement aux soins pour motif financier est prévu (article 64).