La loi n° 2015-29 du 16 janvier 2015 relative à la délimitation des régions, aux élections régionales et départementales et modifiant le calendrier électoral porte création de sept nouvelles régions, par regroupement de régions existantes. Cette nouvelle géographie des régions, qui se met en place au 1er janvier 2016, nécessite d'adapter la composition des instances liées aux ARS, et notamment la conférence régionale de la santé et de l'autonomie, par des dispositions pérennes et par des dispositions transitoires concernant, d'une part, les conférences régionales de la santé et de l'autonomie maintenues provisoirement dans leur ressort territorial à compter du 1er janvier 2016 et, d'autre part, la première désignation des membres des conférences des nouvelles régions.
Le décret prévoit que le premier mandat, dans les régions concernées par la réforme territoriale, et le mandat en cours dans les autres régions, des membres des conférences régionales de la santé et de l'autonomie s'achève le 30 septembre 2020.