Cette ordonnance se compose de trois chapitres : le premier modifie les conditions de création, d’organisation et de fonctionnement des groupements de coopération sanitaire.
L’article 1er rationalise les conditions d'exercice par les GCS des fonctions supports (logistiques, administratives…) nécessaires à l'activité de ses membres. Ces activités ne pourront être gérées par un GCS que pour le compte exclusif de ses membres. Il exclut également de la composition des GCS les organismes commerciaux. Il ouvre la possibilité pour un GCS de moyens exploitant un laboratoire de biologie médicale de facturer directement à l'assurance maladie les examens de biologie médicale réalisés pour les actes et consultations externes et les examens réalisés hors établissements de santé. Il introduit la possibilité de dissolution des GCS à l’initiative du directeur général de l’ARS.
Le second chapitre porte sur l’harmonisation du régime de mise à disposition des agents publics et des instances représentatives du personnel. L'article 4 crée, au bénéfice des GCS, une mise à disposition de droit des agents publics des établissements publics membres de ces groupements. Dès lors que les activités des établissements publics membres d'un GCS sont transférées au groupement ou regroupées dans le cadre de celui-ci, les agents concernés sont mis à disposition du groupement. Les articles 5 et 6 prévoient la création d'un comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail (CHSCT) et d'un comité technique d'établissement (CTE) au sein des GCS de droit public.
Le chapitre 3 enfin porte sur les dispositions transitoires : l’article 7 de l’ordonnance fixe une obligation de mise en conformité des GCS constitués avant la publication de l'ordonnance au plus tard au 1er janvier 2020.