Le décret n° 2020-1131 du 14 septembre 2020 relatif à la reconnaissance en maladies professionnelles des pathologies liées à une infection au SARS-CoV2 crée deux nouveaux tableaux des maladies professionnelles dédiés à la covid-19 :
- L’un pour les personnels soignants et assimilés, tableau n° 100 des malades professionnelles de l’article 461-3 du code de la sécurité sociale ;
- L’autre pour le régime agricole, tableau n° 60 des maladies professionnelles en agriculture prévu dans le code rural et de la pêche maritime.

La reconnaissance automatique en maladie professionnelle concerne les seules « affections respiratoires aiguës liées à une infection au SARS-COV2 confirmée par examen et ayant nécessité une oxygénothérapie ou toute autre forme d'assistance ventilatoire, attestée par des comptes rendus médicaux, ou ayant entraîné le décès », autrement dit les formes de Covid-19 les plus graves. La prise en charge est fixée à 14 jours.

Lorsque l’affection n’est pas désignée dans le tableau ou que les conditions ne sont pas remplies, le décret prévoit l’instruction d’une demande de reconnaissance de maladies professionnelles liées à une contamination au SARS-CoV2 auprès d’un comité régional de reconnaissance des maladies professionnelles. Ce comité est composé d’un médecin-conseil relevant du service du contrôle médical de la Caisse nationale de l'assurance maladie ou de la direction du contrôle médical et de l'organisation des soins de la caisse centrale de la mutualité sociale agricole ou d'une des caisses locales, ou d’un médecin-conseil retraité et d’un professeur des universités-praticien hospitalier ou d’un praticien hospitalier particulièrement qualifié en matière de pathologie professionnelle, réanimation ou infectiologie, en activité ou retraité, ou d’un médecin du travail, en activité ou retraité.