La loi n° 2002-303 du 4 mars 2002 relative aux droits des malades et à la qualité du système de santé a créé le Haut conseil de la santé publique qui a vocation à se substituer au Haut Comité de la santé publique. Le Haut conseil de la santé publique, aux côtés de la Conférence nationale de santé, définit les politiques de santé publique. Ses missions ont été redéfinies par la loi n° 2004-806 du 9 août 2004 relative à la politique de santé publique. Il se substitue par ailleurs au Conseil supérieur d'hygiène publique de France.

1. Missions du Haut conseil de la santé publique

Aux termes de l’article L. 1411-4 nouveau du Code de la santé publique, le Haut conseil de la santé publique a pour missions :
- de contribuer à la définition des objectifs pluriannuels de santé publique, notamment en établissant un rapport d'analyse des problèmes de santé de la population et des facteurs susceptibles de l'influencer, qui propose des objectifs quantifiés en vue d'améliorer l'état de santé de la population et dresse notamment un état des inégalités socioprofessionnelles et des disparités géographiques quant aux problèmes de santé ;
- d'évaluer la réalisation des objectifs nationaux de santé publique et de contribuer au suivi annuel de la mise en oeuvre de la loi qui définit tous les cinq ans les objectifs de la politique de santé publique ;
- de fournir aux pouvoirs publics, en liaison avec les agences sanitaires, l'expertise nécessaire à la gestion des risques sanitaires ainsi qu'à la conception et à l' évaluation des politiques et stratégies de prévention et de sécurité sanitaire ;
- de fournir aux pouvoirs publics des réflexions prospectives et des conseils sur les questions de santé publique ;

Le Haut conseil de la santé publique peut être saisi sur toute question relative à la prévention, à la sécurité sanitaire ou à la performance du système de santé par :
- les ministres intéressés ;
- les présidents des commissions compétentes du Parlement ;
- le président de l'Office parlementaire d'évaluation des politiques de santé.

2. Composition du Haut conseil de la santé publique

Aux termes de l’article L. 1411-5 du Code de la santé publique, le Haut conseil de la santé publique comprend deux catégories de membres :
- des membres de droit
- des personnalités qualifiées dont la compétence est reconnue sur les questions de santé.

Le président, élu par les membres au sein des personnalités qualifiées.

Un décret en Conseil d'Etat doit fixer les modalités d'application de ces nouvelles dispositions.