L’IGAS a mené une mission relative aux fusions et regroupements hospitaliers des établissements publics de santé (EPS) ayant une activité de court-séjour : médecine, chirurgie et/ou obstétrique (MCO). L’IGAS définit dans son rapport la fusion comme étant « la réunion dans une même entité juridique de plusieurs structures antérieurement autonomes. Avec les fermetures ou les conversions de services, les regroupements d’entités sur site unique, les coopérations entre établissements, les fusions participent du vaste mouvement de restructurations hospitalières par lequel les établissements de santé s’adaptent aux évolutions de leur environnement, et notamment à la demande qui leur est faite aujourd’hui d’améliorer leur efficience tout en participant à la réduction de la part des hospitalisations complètes dans l’organisation du système de santé. »

L’IGAS constate que «sur le plan financier, la fusion n’est en général pas l’outil le plus pertinent pour réduire les déficits hospitaliers, qui supposent surtout, pour les établissements concernés, un effort de réorganisation interne pour réduire leurs dépenses. » La mission IGAS établit dans son  rapport 29 recommandations classées sous les items suivants : Les fusions dans la politique des restructurations hospitalières  - Définir des principes de bonne restructuration des services de médecine, d'obstétrique et de chirurgie - Recommandations de bonnes pratiques pour les établissements parties prenantes d'une fusion.